移动船舶检验检疫执法系统的优势主要体现在：一是工作周期由0.5天缩短为0.5-2小时，放行周期从0.5天缩短为1分钟，极大提升工作效率和通关速度。二是检疫人员可在现场将办证检查的结果和需要实施卫生处理的船舶录入移动执法系统，并在现场对卫生处理结果实施效果评价；三是给检疫人员搭建了日常的工作流程，可以省去很多繁琐的操作；四是进一步推动“无纸化检疫”进程；五是具备检疫现场发现问题与发生突发情况进行实时拍照、录像等取证功能。